В этом виде хроматографии неподвижная фаза представлена твердой поверхностью снаружи и внутри гранул сорбента — в их порах. Для пористых сорбентов, как и в случае гидрофобной хроматографии, имеет место эффект гель-фильтрации, поскольку жидкость внутри пор неподвижна, но по сравнению с адсорбцией этот эффект невелик и мы его опять учитывать не будем. На поверхности сорбента, вообще говоря, могут сорбироваться не только молекулы фракционируемого вещества, но и молекулы элюента, которые могут даже конкурировать с веществом за одни и те же участки поверхности. Однако обычно молекулы вещества обладают намного большим сродством к сорбенту, чем элюент, и такая конкуренция играет второстепенную роль. Равновесное распределение вещества между неподвижной и подвижной фазами определяется процессами его сорбции и десорбции на поверхности сорбента, которые в немалой степени зависят от природы элюента, но не столько в плане конкуренции за «центры сорбции» на поверхности, сколько в том смысле, что от характера элюента зависит растворимость вещества в жидкости подвижной фазы.